Yeye na maafisa kadhaa wa serikali yake wanashutumiwa kuchochea ghasia na kuwauwa waandamanaji mwaka 2012 wakati wa utawala wake. Mashitaka hayo ni pamoja na kushirikiana na wanamgambo wa kigeni kuvunja gereza.
Aling'olewa madarakani kwa mapinduzi mwezi julai mwaka jana na kufungwa.
Alipofika mahakamani Mwezi Novemba mwaka jana bwana Morsi alisema kuwa bado yeye ni rais na alifungwa kinyume na matakwa yake.